Dit type van biologische bestrijdingsmiddelen onderdrukt de plaag bevolking door het afscheiden van toxines die specifiek zijn voor de insecten, waardoor de ziekte in de plaag bevolking, interfereren met de oprichting van ongedierte door de concurrentie en andere vormen van actie. Eén type organisch biopesticide is de bacterie Bacillus thuringiensis bekend als een grondgebonden bacterie die giftig is voor verschillende soorten insectenlarven maar niet voor andere. Deze bacterie kan worden aangebracht op gebladerte van planten of ingebouwd in het genetisch materiaal van grotere gewassen.
Het is giftig voor de larven van motten en vlinders. Andere soorten zijn giftig voor muggen en zwarte vliegen. Tuinieren met biologische pesticiden algemeen effectief en gezonder milieu en de planten dan synthetische pesticiden en een goed alternatief voor het gebruik van schadelijke chemicaliën op de tuin.