Beide technieken zijn zeer belangrijk bij het identificeren van onbekende chemische verbindingen. Infrarood helpt bij het bepalen van de structuur van een verbinding door het lokaliseren exacte positie en aanwezigheid van verschillende banden, terwijl massaspectroscopie helpt chemicus om de relatieve molecuulmassa van de verbinding te identificeren. Beide technieken gebruikt in combinatie kan een chemicus aan een onbekende oplossing te helpen.
Infra-red werkt door het blootstellen van een molecule aan straling.
Binnen het molecuul zijn er verschillende soorten obligaties en elke obligatie heeft zijn eigen trillingsfrequentie. Zo zal een enkele binding andere vibratie frequentie dan de dubbele binding hebben. Dus wanneer deze verschillende banden blootgesteld aan straling zullen energieën van verschillende frequenties absorberen. Daarom zullen de trillingsfrequentie veranderen ze absorberen straling en naar het soort binding is, zal frequenties absorbeert slechts in bepaalde reeksen. Dit geeft IR spectra die kunnen worden geïnterpreteerd tonen hoeveel verschillende bindingen in de moleculen.
Deze geeft informatie over de functionele groepen van het molecuul en hoe zij gebonden. Deze techniek is waardevol bij het onderscheid tussen verbindingen zoals alcoholen, carbonzuren, esters en carbonylen.
massaspectroscopie werkt brekende het molecuul in kleine fragmenten. Elk fragment wordt gewogen en de grootte van elk fragment wordt getoond. Deze fragmenten worden weer in elkaar gezet om de totale massa van het oorspronkelijke molecuul geven. Moleculen worden verdampt en vervolgens gebombardeerd met een elektronenkanon.
Dit elektronenkanon klopt af elektron uit de atomen van het molecuul en ioniseert hen. Deze ionen worden versneld door het elektrische veld dan wordt door een magnetisch veld waar ze worden afgebogen naar de massa. De zware ionen met reizen bij lage snelheid en zal niet zozeer af te buigen. Deze ionen worden vervolgens gedetecteerd en een spectrum ontstaat met uitschieters ion fragmenten. Het spectrum toont de massa verhouding van elk fragment en hoe overvloedig elk fragment wordt geproduceerd laden. Het massaspectrum wordt gebruikt om te werken het relatieve molecuulgewicht van de verbinding.