Het onderwerp van het kind molestering en de reactie van het publiek uiteindelijk veroorzaakt MTV om de video te verbieden na een paar optredens. In 1995, D'Amour verliet de band na het tweede album ging de opnameproces. Twee maanden later, Justin Chancellor, die ooit deel uit van een Engels band genaamd Peach was, verving hem. Instrument was vertrouwd met zijn muziek omdat ze al hadden toerde met de band in Europa. In de loop der jaren, de groep bleef censuur en problemen met het verkrijgen airplay geconfronteerd.
Een korte addertje onder het gras in het management ook vertraagde hun volgende album. Naarmate de tijd verstreek, de groep was in staat om tal van obstakels te overwinnen en gaat nog steeds om zich te uiten door middel van hun muziek. Discografie & Musical AchievementsSince hun oprichting heeft Tool vier studio-albums produceerde: (; 2x platina 1993) "Undertow"; "Aenima" (1996; 3x platina); "Lateralus '(2001; 2x platina); en "10,000 Days" (2006; platina). Met de release van hun laatste twee albums van de groep genoten meer dan 550.000 verkopen elk binnen de eerste week.
Ze veroverde ook de nummer één positie op de Amerikaanse hitlijsten. Enkele van de singles die een impact hebben op de Top 10 en Top 20 hitlijsten in zowel mainstream en moderne rock kringen over de hele wereld hebben gemaakt onder "Sober" (1993); "Stinkfist" (1996); "Schism" (2001); "Parabool" (2001); "Vicarious" (2006); en "Jambi" (2007).