Na zijn afstuderen, Eugene werkte bij een multidisciplinair onderzoeksinstituut. Eugene is waar de eerste computer virus werd bestudeerd na detectie van de Cascade virus op zijn computer in oktober 1989
Eugene analyseert het virus en ontwikkelt modules voor het eerst het virus desinfectie. Sindsdien begon hij met het verzamelen van kwaadaardige programma's en modules voor de desinfectie van deze virussen. De collectie werd later de basis van de antivirus-database bekend als Kaspersky Antivirus.
Momenteel is de database heeft 1,3 miljoen records en is één van de meest uitgebreide anti-virus databases van de wereld. In 1991, Eugene trad de Amerikaanse Information Technologies Center, waar de Eugene en zijn collega's een groep van AVP antivirus project, dat de basisvorm van Kaspersky Antivirus werd ontwikkeld. Wereld erkenning van het project in 1994, waar de AVP niet bekend te hebben gewonnen een wedstrijd georganiseerd door de universiteit van Hamburg laboratoriumtests, waaruit blijkt dat het virus detectie hoger is dan de meest populaire antivirusprogramma's in die tijd.
Toen, in 1997, Eugene en co-partner besloten om een onafhankelijke onderneming, die later de oprichter van Kaspersky Lab te vestigen. Sindsdien Eugene hoofd van de anti-virus onderzoeksbureau. Tot slot, in 2007, is gepositioneerd als de CEO Eugene Kaspersky Lab.