De strategie werd in beslag genomen door de Chinese militaire also.In de 15e eeuw ninja's werden ingehuurd voor de doeleinden van overvallen. Ze waren terroristen en brandstichters par excellence. In tegenstelling tot de samoerai van Japan gevochten geopend duels. Maar tijdens de moeilijke tijden van de Sengoku-periode was er veel vraag naar ninja's en minder belang werd gegeven aan fatsoen. De ninja werd spionnen, experts in een hinderlaag aanvallen en het verspreiden van onrust. Er waren families van ninja's die gevormd grote gilden elk met zijn eigen grondgebied.
In hen was er ranking bij de jonin zijn de bovenste man, de Chunin zijnde de middelste man en de assistenten zijn jonin. De laagste was de lagere mens of genin. De laatste werden gerekruteerd uit de lagere rangen en verzonden naar de voorhoede van trouble.Following het beleg van Osaka in 1614 van de ninjas kwam weer worden ingezet. Miura Yoemon was een ninja die door krijgsheer Tokugawa. Hij huurde meer ninja's uit de Iga clans en stuurde tien van hen naar Osaka Castle. Het is de moeite waard om hier te vermelden dat de ninja's die uit clans kwam.
In de pre-moderne oude Provincie Iga leefden de Iga en Koga clans. In deze regio werden de dorpelingen voornamelijk actief in getraind om ninjas zijn. Na een dergelijke beslissende overwinning werd de Iga ninja bewakers voor de binnenste grondgebied van Edo Castle nabij moderne Tokio. De ninja's van de Koga-clan kreeg benoemingen bij de politie en hielp in het bewaken van de buitenkant poorten van het kasteel. In die tijd was Japan oorspronkelijk bekend als Ozakajo. Osaka speelde een belangrijke rol in de eenmaking van het land in de 16e eeuw.
Het ninjas nam een centrale rol tijdens de boer opstand bekend als Shimabara Rebellie in de 17e eeuw. De boeren waren grotendeels christenen. De Koja ninjas in dienst waren van een shogun een persoon van militaire rank.In de eerste