De verhaallijn van Crackdown is niet erg ingewikkeld, het is heel simpel, beginnend en eindigend in de buurt van het begin van het spel, en dan het hele spel is storyless. Dit is niet een slechte zaak, omdat het verhaal geeft je een goede reden om te willen om het spel af.
Wanneer je het spel start, is een stem vertellen over "Het Agentschap", zeggend dat het agentschap wordt muteren mensen, met behulp van een formule die door de Shai-Gen Corporation Dr. Baltazar Tsjernenko. Zij muteren mensen om ze krachtiger, sterker, sneller, slimmer en meer immuun om gekwetst te maken.
Na een beschrijving van deze, vertelt hij hoe de wereld van de politie waren alle gecombineerd om "het Agentschap", dat is echt een wereldwijde misdaadbestrijding orginazation, met de politie nu Vredestichters genaamd creëren. De stem vertelt je dat het Agentschap maakte het hoofdkantoor in de meeste criminaliteit gevuld stad van de wereld, dat is ook de hoofdstad van de natie, Pacific City. Hij legt verder uit dat de stad is opgedeeld in drie grote eilanden, elk bestuurd door een andere bende.
De Oost-eiland wordt bestuurd door Los Muertos, een Centraal-Amerikaanse basis drugshandel bende, die geen respect afdwingen, maar het krijgen van de burgers van de stad door het veroorzaken van misdaden om de mensen bang te maken. De West-eiland wordt bestuurd door het Volk, een Russisch-gebaseerde bende gevuld van illegale immigranten en gastarbeiders uit Rusland. De Oost-eiland is ook de werkende wijk, passend bij de aard van de bendeleden het Volk hebben.
De Noord-eiland wordt bestuurd door de Shai-Gen Corporation, een goed georganiseerde, Japan-gebaseerde bende, waarvan de leden meestal eigenaren van een succesvol bedrijf. De Noord-eiland is het financiële district, die past bij de aard van de leden van de Shai-Gen te hebben.
Na het uitleggen van dit alles, de stem vertelt je dat je de nieuwste super-menselijke lid van het Agentschap, en dat het is jouw taak om de straten van de gangsters reinigen van elk van de drie bendes. Hij vertelt je dat om dit te doen, moet je vinden en te elimineren de kingpin van elk van de drie bendes.
In staat zijn om de kingpin gemakkelijker te doden, sais hij dat je moet nemen over zijn vier generaals en twee luitenants, nadelige gevolgen voor de bende in zes manieren: halting communicatie, wapen handel, explosieven mensenhandel, hitman training, lid werving en transport. Elke keer als je een van deze dingen te bereiken, zal de verdediging van de ki