Het verhaal begint in 1993 in Somalië toen Elliot Salem en Tyson Rios (de protagonisten van het spel) zijn nog steeds in de VS 75ste Regiment, waar ze de opdracht om te werken met Phillip Clyde van Veiligheid en strategie Corporation (SSC) te vermoorden Abdullahi Mo'Alim. Na deze missie, Philip Clyde, namens SSC CEO Ernest Stockwell, nodigt Luitenant Kolonel Richard Dalton (commandant van het 75ste Regiment) om het bedrijf te sluiten voor een kantoorbaan.
Hij akkoord gaat, vragen om Salem en Rios te brengen met hem als aannemers, en het volgende jaar, de drie voert de private sector.
Salem en Rios begint een acht-jaar stuk van huurlingen werken in diverse Amerikaanse activiteiten tot de gebeurtenissen van 11 september 2001. Vervolgens worden ze ingehuurd om een berg raketbasis (overgebleven door de Russen uit de Koude Oorlog) in gebruik door Al Qaida infiltreren.
Het zijn belast met de vernietiging van middellange afstand M-11 raketten, de afschaffing van de terroristische Al-Habiib, en de redding van Brian Hicks (een andere SSC operatieve die gevangen proberen was om dezelfde taken uit te voeren). Na het doden van Al-Habiib, ze vernietigen een cache van chemische kernkoppen met de hulp van een hacker, die onder het handvat "Section Eight".
Het is aangekondigd in het nieuws dat SSC Black Mountain Industries, een andere heeft verworven PMC. De fusie maakt SSC de grootste PMC in de wereld, die controverse die ze steeds te machtig veroorzaakt.
Dalton verzekert het publiek dat hun motieven zuiver zijn.
In 2003 zijn de twee terug naar Irak gestuurd door Alice Murray, hun missie coördinator. Hun missie is om te redden Lt. Col. Samuel Eisenhower, een vriend van Salem en Rios 'oude Army Ranger squad. Ze krijgen te horen dat hij vitale informatie en wordt gegijzeld in een Amerikaanse basis, die onder vijandelijk controle is gedaald. Salem en Rios succes halen hem een helikopter. Echter, al snel na de liften uit, het explodeert.
Salem merkt op dat met Eisenhower dood, alleen hij, Rios, Dalton, en een andere soldaat genaamd Pedro zijn de enige overlevende leden van hun vroegere tien man unit. Ali Youssef, een Iraakse terrorist, claimt de verantwoordelijkheid voor de dood van Eisenhower, en de twee zijn belast met het elimineren van hem, zijn luitenant en zijn Iraakse basis.
Na de missie, Senatoren Alex Richter en Richard Whitehorse bespreken een wetsvoorstel te komen voor het Congres op tv.
Indien aangenomen, zou de factuur van de militairen