bekend om hun moleras, een zachte plek in de schedel, zijn zij de enige ras om geboren te worden zonder een volledige schedel. De molera vult met de leeftijd, maar veel zorg moet worden genomen tijdens de eerste zes maanden tot de schedel is volledig formed.Chihuahuas doen, lopen het risico van een lage bloedsuikerspiegel, die kan leiden tot een coma als onbeheerd. Ze zijn ook bekend te lijden van ooginfecties vanwege hun grote ogen en lage bodemvrijheid.
Het ras heeft de neiging te trillen, maar dit is niet een gezondheidsprobleem, het normaal gesproken gebeurt wanneer de hond gestresst of opgewonden. Ze hebben de langste levensduur van elke hond en kunnen leven tot 18 jaar.