De algemene aard van de CGI-interface betekent ook dat een CGI script of programma geschreven voor een Linux webserver zal waarschijnlijk functioneren zonder wijzigingen op een andere Linux webserver en eventueel op een andere Unix-server, als het is geschreven met behulp van een taal vaak gevonden in alle besturingssystemen.
Toch, voor alle zijn voordelen, CGI lijdt aan een aantal ernstige nadelen dat het onaantrekkelijk voor sommige websites te maken. De twee belangrijkste tekortkomingen betrekking tot veiligheid en snelheid.
Sinds de opkomst van de Web aanzienlijke gaten in de CGI-interface hebben ontdekt dat wanneer een manuscript slecht is geschreven, kan een systeem mogelijk draaien van een webserver zijn volledig toegankelijk voor een goed geïnformeerde hacker. Dit maakt CGI minder dan wenselijk waar de beveiliging van de gegevens op de webserver is van groot belang, omdat het zou zijn op de meeste zakelijke internet en intranet servers, en in het bijzonder op sites aanbieden van online financiële transacties en een creditcard verkoop.
Bovendien, de CGI-interface is niet erg efficiënt.
De webserver loopt een of meer processen die de klant verzoeken te beantwoorden. De browser begint vervolgens kind processen voor de CGI-programma, het passeren van gegevens naar dit nieuwe proces en wachten tot het klaar is. Op een drukke site, kan dit leiden tot een groot aantal nieuwe processen te hoeven starten in korte tijd, vooral wanneer CGI-scripts worden intensief gebruikt. Elk verzoek om een CGI programma leidt tot een afzonderlijk proces voor elk verzoek.
Dit is zeer inefficiënte manier om grote hoeveelheden gegevens te verwerken, en het is de reden waarom veel leidt webservers eigen APIs voor geïmplementeerd het schrijven van server-side programma's.
Application Program Interfaces
API's bieden een manier om programma's die goed te integreren in de webserver en over het algemeen niet nodig zijn nieuwe processen voor elk verzoek te schrijven.
API's hebben de ontwikkeling van web-based applicaties die geschikt voor het verwerken van grote aantallen aanvragen in vergelijking met gelijkaardige CGI-gebaseerde oplossingen zijn ingeschakeld. Bovendien zijn API-oplossingen onderwerp van minder kritiek met betrekking tot veiligheid. API-gebaseerde programma's kunnen over het algemeen doen hetzelfde werk als CGI-programma's, zoals de verwerking voorzien in vormen informatie, toegang tot gegevens in databases, en verifiëren.