De kwestie van land-grabbing had ook opgejaagd Villar jaren. Honderden kleine boeren in Norzaragay, Bulacan, bijvoorbeeld, hebben gevochten een zware strijd om de inbeslagname van hun grondbezit stoppen door de Bangko Sentral ng Pilipinas (BSP).
Zonder hun toestemming en kennis, een bank in handen van de Villars verluidt gebruikt dubieuze titels om het land als onderpand voor een bail-out lening van BSP ongeveer 15 jaar geleden. De Villars niet aan de lening terug te betalen, en de BSP afgeschermd het land met een geschatte oppervlakte van 715 hectare.
Hij werd ook verwikkeld in een hevige controverse over de aandelenmarkt. Villar werd beschuldigd van misbruik van zijn invloed als toen senaat president illegaal profiteren van de publieke notering van zijn aandelen in VistaLand en Lifescapes Inc.
bij Philippine Stock Exchange (PSE) in 2007. Eager om te profiteren van een hausse nemen, hij naar verluidt onder druk van de PSE board in de goedkeuring van de release van 29,28 procent van zijn eigen aandelen in VistaLand vóór de verplichte lock-up periode van 180 dagen was up, effectief vrij te stellen van zijn bedrijven uit beursregels. Dit kon hij grote blokken aandelen beschikken aan beleggers-van wie velen waren OFW's-en net meer dan P8 miljard. Kort daarna, de aandelenkoersen gedaald, waardoor de kopers tot enorme verliezen op te vangen.
Het grootste deel van de opbrengst van de transactie zijn gepand gezegd te zijn gereserveerd voor zijn presidentiële bod.
Tijdens zijn termijn, werd Joseph Estrada ook gekoppeld aan de beurs onregelmatigheden. BW Resources een klein gokken bedrijf genoteerd op de Filippijnse Stock Exchange en verbonden met mensen die dicht bij hem in de eerste plaats zakenman Dante Tan-naar verluidt een van de weinigen die bestaat Estrada's "Midnight kabinet" -experienced "een snelle opkomst" in zijn aandelenkoers verschuldigd naar een vermoedelijke handel manipulatie.
Het bedrijf is niet om geld te verdienen nog de prijs van haar aandelen steeg. Estrada werd beschuldigd van porren handen van de overheid financiële instellingen zoals de SSS en de GSIS in het verwerven van grote stukken van het bedrijf om de koers van het aandeel te verhogen. Het daaropvolgende onderzoek leidde alleen maar tot verdere verwarring wanneer het hoofd van de naleving en toezicht groep, Rub