Echter, de feitelijke gegevens zelf was onversleuteld verzonden en het was gemakkelijk te onderscheppen en te luisteren in op een FTP-verbinding tot internet zelf had heel weinig zekerheid ingebouwd. Bestaande uit vele kleinere onafhankelijke netwerk dat zich uitstrekte over de hele wereld, het pad dat een datapakket nam om van punt A naar punt B was onvoorspelbaar. Met de populariteit van het internet, werd het essentieel om vele soorten kritieke gegevens door enkele van de zekerheid.
Netscape Communications loste het veiligheidsprobleem op het internet door het ontwikkelen van de Secure Sockets Layer-protocol (SSL), die public key cryptografie gebruikt om gegevens die via het internet gegevens te coderen. Dit is nog steeds de algemeen aanvaarde beveiligingsmechanisme en wordt uitgevoerd door alle Internet browsers.FTPS Secure File TransferModifications naar de FTP-protocol werden gemaakt om het gebruik van SSL op te nemen voor het versleutelen van de overdracht van bestanden via het internet. De gemodificeerde mechanisme genoemd FTPS.
Om achterwaartse compatibiliteit met de originele file transfer protocol een FTPS verbinding kan ofwel expliciet handhaven waar de verbinding tussen de client verbinding en de server begint als gewone FTP en onderhandelt een veilige verbinding of impliciet waar de verbinding begint zijnde encrypted.HTTPS Secure File TransferSince een webbrowser is al in staat van public key cryptografie, eenvoudige downloads en uploads kunnen worden rechtstreeks via een webbrowser met het HTTPS-protocol uitgevoerd. Dit betekent dat speciale FTP-client software niet Secure File is required.
SFTP TransferThe Secure Shell protocol ook bekend als SSH is ontwikkeld door Tatu Ylonen om veilige toegang op afstand schelpen staat het gebruik van publieke sleutel cryptografie en vervang Telnet en andere niet veilige schelpen. Dit protocol is sindsdien uitgegroeid tot ook de ondersteuning van een file transfer mechanisme dat bekend staat als SFTP. Het belangrijkste voo